L’erezione della parrocchia di Lissago avvenne il 15 dicembre 1640 (Registro parrocchie e canonicati diocesi di Milano, 1502). Tra XVII e XVIII secolo la parrocchia di San Carlo di Lissago è costantemente ricordata negli atti delle visite pastorali compiute dagli arcivescovi e dai delegati arcivescovili nella pieve di Varese.
Nel 1755, durante la visita pastorale dell’arcivescovo Giuseppe Pozzobonelli, il clero nella parrocchia dei Santi Carlo e Zenone di Lissago era costituito dal solo parroco; per il popolo, che assommava a 202 anime complessive, di cui 155 comunicati, era istituita la scuola della dottrina cristiana; nella parrocchiale era costituita la confraternita del Santissimo Sacramento, senz’abito. Nel territorio della parrocchia, oltre alla chiesa dei Santi Carlo e Zenone, esisteva l’oratorio di Sant’Ambrogio in Calcinate degli Origoni (Visita Pozzobonelli, Pieve di Varese).
Verso la fine del XVIII secolo, secondo la nota specifica delle esenzioni prediali a favore delle parrocchie dello stato di Milano, la parrocchia di San Carlo di Lissago possedeva fondi per 85.3 pertiche; il numero delle anime, conteggiato tra la Pasqua del 1779 e quella del 1780, era di 201.
All’epoca della prima visita pastorale dell’arcivescovo Andrea Carlo Ferrari nella pieve e vicariato di Varese, il reddito netto del beneficio parrocchiale assommava a lire 657,39; il clero era costituito dal parroco. I parrocchiani erano 475, compresi gli abitanti delle frazioni Calcinate, Schiranna, Molino; nel territorio parrocchiale esisteva l’oratorio di Sant’Ambrogio; nella chiesa parrocchiale era eretta la confraternita del Santissimo Sacramento; era anche attiva in parrocchia una società di mutuo soccorso. La parrocchia era di nomina arcivescovile (Visita Ferrari, I, Pieve di Varese).
Nel XIX e XX secolo, la parrocchia di San Carlo Borromeo di Lissago è sempre stata inserita nella pieve e vicariato foraneo di Varese, nella regione III, fino alla revisione della struttura territoriale della diocesi, attuata tra il 1971 e il 1972 (decreto 11 marzo 1971) quando fu attribuita al nuovo vicariato foraneo e poi decanato di Varese, nella zona pastorale II di Varese.
l Comitato Maria Letizia Verga è un'associazione ONLUS per lo studio e la cura della leucemia nei bambini.
È intitolato a Maria Letizia Verga, una bambina di Lissago morta negli anni '70 dell'XX secolo di leucemia all'età di soli quattro anni.
L'associazione è stata fondata nel 1979 da Giovanni Verga, padre di Maria Letizia, allo scopo di offrire assistenza medica e psicologica ai bambini ammalati di leucemia. Inizialmente la sede dell'associazione era presso la clinica pediatrica De Marchi di Milano, ma all'inizio degli anni '80 si trasferì presso la clinica pediatrica dell'Ospedale San Gerardo di Monza, gestita dall'Università di Milano-Bicocca. Giovanni Verga è tuttora presidente dell'associazione.
Il comitato Maria Letizia Verga è stato nel corso degli anni una vera e propria “alleanza terapeutica” tra operatori sanitari, genitori, malati e società civile per curare i bambini colpiti dalla leucemia, ed anche per aiutare i genitori ad affrontare le difficoltà pratiche e psicologiche che ne derivano.
La clinica pediatrica dell'ospedale San Gerardo di Monza, è stata diretta fino al 2010 dal prof. Giuseppe Masera, vincitore nel 2009 del prestigioso premio internazionale "Paul P. Carbone Award in International Oncology", assegnato dall'International Network For Cancer Treatment and Research.